1.【游戏剧本】
新剧本【秦末起烟火】，新剧本主要势力有扶苏、陈胜、刘邦、项梁（或项羽）、秦二世等，新增诸多新人物和诸多剧情，新增武将200多名，并调整之前部分剧本内容，删除已做好的历史剧本里遗留的孟获势力等原三国武将。可玩剧本：第一、二、三、四、七、八、十，推荐新玩家按这个顺序玩：一或二或三 → 四 → 七或八。
2.【游戏画面】
采用1280*768分辨率，实现高清化。
3.【新游戏机制】
关押在城里的俘虏将无法使用“押解俘虏”转移（内政时仍可招降，野外的俘虏仍可押回城里）。提高游戏的策略性，攻城拔地更需要考虑，因此3.5版本的副标题叫做“步步为营”。为了平衡小势力难度，少量空城有武将，占领就能招至麾下。
4.【大地图修改】
①增加诸多新城池、关卡，关卡比城池更加易守难攻，可以谋划自己的后方，守住部分城关即可让里面的城池更好发展内政。
②大地图下部分地形略有调整。
5.【武将培养】
①增加“魂·XX”的道具，使用后可以习得某一项特性或武将技。
②比武大会挑战神兽成功后大概率获得一个这样的道具。
③部分城池到了一定开发度后可以买到这些道具。
6.【兵种介绍】
①兵种先分为三界：人魔仙，相克为：魔 克 人 克 仙 克 魔。
②各界兵种内部再根据自身特色有相克，比如骑兵克步兵、枪兵克骑兵。
③部分专属兵种有兵符，部分武将达到一定等级后，内政时进献兵符。
7.【城防介绍】
①城池的防御度越高，可建的城防越厉害。
②城池被攻击会减少防御度。
③AI修建城防免费，AI控制的城池防御度减少后，也会自动降级自己的城防。
8.【官职介绍】
官职分很多种，各有自己的特色。简化官职分支，不用担心原版的漏封问题，内政时一键封官即可。
以下修改是相对于之前版本的优化：
1.【秦王扫六合】剧本调整部分剧情，灭亡六国的顺序可按玩家自己的进度来，更加人性化，具体请见剧情介绍。第一剧本【越国献西施】剧情触发所需外交度提高到60。
2.增加特色兵种：骊山刑徒。降低魔界兵种的血量、攻击。微调部分兵种的属性。
3.新增诸多人物造型、CG图。
4.增加近二十个神话人物到各个剧本，这些人物取材于公元前的神话传说，可以在城池里搜索得到。
5.比武大会第一年即可挑战圣兽。
6.自设武将出场时获得体+60、技+40的加成，第一次封官后该加成取消。
7.去除离间武将、冲阵，完美去除石碑、沉船。
8.梦魂英雄（聆天、云梦）略有调整，封官获得的技能也有微调。
